『燕巢』一詞之由來，說法有二，據本所資料記載及訪問地方父老，均以清朝康熙末年，朱一貴抗清，官兵來剿時，多染厲疫，遂令「援剿」，「燕巢」乃「援剿」之同音異議，又因本鄉燕子甚多之故也。另一說法，係經就教於成功大學黃典權教授，認為乃出自鄭成功後備部隊「援剿」一詞而來，按史書記載，本鄉開發淵源甚早，鄭成功渡台之後，以其後備部隊之援剿中鎮，墾於今本鄉東、西、南燕村一代，援剿右鎮，墾於今本鄉安招村附近，故名也。
